2013年6月5日水曜日

プラスミドのデータベース

プラスミド、、、と言ってもなにそれ?という方も居れば学生時代に実習で使ったなどという方も居られるとは思いますが、ごく簡単に言えばいろいろな方法を使って各種の細胞の中に導入することによってその対象の細胞の生物学的機能を使ったり改変したりすることの出来る長さ数キロベースペアの環状DNAのことです。
もともとは大腸菌や酵母の染色体以外のDNAで、実際に実験用に使うことが多いのは1-10kbp前後のもので、基本的に大腸菌の中に導入して増やして回収します。
このプラスミドという実験の道具もこの世界に長く居ると次第に次第に溜まっていきます。最初は一箱、そして一箱というように増えていきます。それはまあ真核細胞の細胞ストックも同じようなものなのですが、この世界に20年居ればそのトータルの数がどれほどになるかというと、、、。まあ「ウンザリ」と言うレベルです。(笑)
そして、今回、ある事情に迫られて最近これらのデータベースを再構築することにしました。元々はファイルメーカーで作りたかったのですが、それよりも誰にでも何処にでも配布できるエクセル形式にして構築し直す事にしました。
最初のテンプレートはアッという間に出来上がったのですが、色々と入力していく内にここはこうしよう、ここはこの形式に、、、と言う感じで三回ほど改変を入れてやっと納得のいくものが出来ました。作りあげたテンプレートに入力開始ですが、プラスミドの入った一箱一箱を冷凍庫から引っ張り出してきては81本ずつを一つ一つ表面のラベルを確認しながらPCに入力していきます。
これも実に単調な作業で一箱一箱終わるごとに溜息が出てその日の目標が終了する度に心が疲れているのを強く感じるのでした。orz
早く終わらせなければいけないと思いつつ、箱の山を目の前にしてコーヒーブレークでお茶を濁す怠け者の私でした。w
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